События разворачиваются после распада команды «TRY3», в которую входили Хроно, Токоха и Сион. Через некоторое время участники бывшей команды вновь пересекаются, когда начинается формирование составов для турнира «D-20». Хроно собирает новую команду с Тайё и Кадзумой. Сион объединяется с Анри, занимающим пост президента карточного клуба в его школе, и Рин. Токоха формирует группу с Сатору и Куми. Изменения в составе участников приводят к появлению новых вызовов, с которыми сталкивается Хроно.

Конфликт между террористической организацией нелюдей и Комитетом по контролю за нелюдьми достигает решающей стадии. Лидер нелюдей Сато публично выдвигает требование признать права нелюдей. В случае отказа он намерен убить пятнадцать высокопоставленных персон, что обозначено как «вторая волна». После завершения «третьей волны» Сато планирует получить полный контроль над страной. Кэй Нагаи, стремящийся к мирной и спокойной жизни, считает Сато главным виновником своих проблем. Он принимает решение