Фейт Тестаросса возвращается в Уминари Сити через шесть месяцев после событий предыдущего сериала. Она проживает с Линди Харлаун, которая выступает в роли опекуна. Фейт ведет обычную жизнь ученицы младших классов вместе с Нанохой Такамати и их общими друзьями. Воссоединение персонажей прерывается нападением четырех человек, использующих древнюю магию. Они называют себя Wolkenritter (с немецкого - Облачные Рыцари). По мере прояснения их целей выясняется, что они стремятся пробудить артефакт под

Люси Хартфилия встречает девушку по имени Эклер, которая потеряла память. Эклер помнит только то, что должна доставить некий артефакт, называемый Камнем Феникса. Люси приводит её в штаб магической гильдии «Хвост феи». В ходе общения с членами гильдии выясняется, что существует два таких камня. При соединении они могут даровать владельцу бессмертие. Вокруг гильдии «Хвост феи» и Эклер складывается сложная ситуация, связанная с этими артефактами. Различные стороны заинтересованы в получении Камней

После событий первого сезона прошло некоторое время. Ёко занимается подводными исследованиями у побережья Мадагаскара. Мадока, утратившая способность активировать «глаз ауры», возвращается в Камогаву. Дома она находит письма от Лан и Мугинами. В них подруги рассказывают о своей текущей жизни и поздравляют Мадоку с Новым Годом. Спустя несколько месяцев завершается очередной учебный год. Мадока переходит в следующий класс, и приближается её день рождения. В это же время лучшие подруги Мадоки

Персонаж Хотаро Орэки, известный своим нежеланием проявлять активность, получает от старшей сестры задание подработать спасателем в местном бассейне. В его рабочую смену в бассейн приходят другие члены клуба классической литературы, намереваясь отдохнуть в воде. Среди них находится Эру Читанда, которая не склонна прекращать поиск загадок даже в неформальной обстановке. Читанда быстро обнаруживает ситуацию или объект, требующие расследования, и предлагает членам клуба новую задачу. Вместо

Форт Кейси, отдаленный форпост Федерации, подвергается атаке инопланетных существ, известных как жуки. Кораблю быстрого реагирования Алесия поступает приказ оказать поддержку звездному крейсеру Джон А. Уорден, который находится на ремонте в Форте Кейси. Задача экипажа Алесии — обеспечить эвакуацию выживших с крейсера и доставить на Землю военную разведку в целости. Параллельно выясняется, что Карл Дженкинс, возглавляющий министерство паранормальных приемов ведения войны, уводит звездный крейсер