Почти на всех планетах галактики, включая Землю, население восстало против власти Механизированной империи. Тэцуро Хосино участвует в затяжной войне на Земле на протяжении нескольких лет. Люди терпят поражение, и Тэцуро находится в состоянии отчаяния. В этот момент он замечает прибытие на Землю Галактического экспресса 999. Вскоре ему попадает сообщение от Мэйтел с просьбой вернуться на поезд. Тэцуро с боем прорывается на станцию и отправляется на Галактическом экспрессе 999 в новое

Сюжет аниме разворачивается в далеком будущем, где человечество сталкивается с инопланетной угрозой. Главный герой, пилот космического корабля, оказывается в центре конфликта между Землей и агрессивной расой с планеты Бальдиос. Противостояние начинается с серии атак на земные колонии, после чего выясняется, что инопланетяне намерены колонизировать Землю, используя технологию терраформирования. Герой получает управление мощным боевым роботом, предназначенным для защиты планеты. По ходу сюжета

Десятилетняя девочка по имени Флон живёт с семьёй в Берне. Её отец получает письмо от друга из Англии, который сейчас находится в Австралии. В письме сообщается о серьёзной нехватке врачей, и друга просит отца Флон приехать в Австралию. Семья принимает решение покинуть старый дом в Берне и отправляется в плавание. Это путешествие становится началом их долгого дрейфа по морю. В ходе плавания Флон сталкивается с различными событиями и встречает новых людей. Её приключения разворачиваются на фоне