Прощай, Галактический экспресс 999: Терминал Андромеды

Почти на всех планетах галактики, включая Землю, население восстало против власти Механизированной империи. Тэцуро Хосино участвует в затяжной войне на Земле на протяжении нескольких лет. Люди терпят поражение, и Тэцуро находится в состоянии отчаяния. В этот момент он замечает прибытие на Землю Галактического экспресса 999. Вскоре ему попадает сообщение от Мэйтел с просьбой вернуться на поезд.

Тэцуро с боем прорывается на станцию и отправляется на Галактическом экспрессе 999 в новое путешествие. Поезд следует через различные планеты и космические станции. В ходе поездки Тэцуро и Мэйтел сталкиваются с разными событиями и персонажами. Развитие сюжета связано с раскрытием тайн Механизированной империи и природы самого поезда.