Андроиды женского типа, известные как марионетки, возвращаются в Отару, расположенный в городе Отару Мамия. Группа включает персонажей по имени Лайм, Черри и Бладберри. Также в сюжете участвуют несколько переработанных марионеток от Гельхардта фон Фауста, таких как Тигр, Люкс и Пантера. Эти персонажи отправляются на отдых вместе с друзьями, стремясь лучше понять человеческое поведение. В повествование вводится седьмая марионетка по имени Маринэ, которая обладает некой таинственной силой. Все

Тома Инаба переезжает из провинции в Токио для поступления в университет Кэйко, считающийся самым престижным вузом города. Он останавливается в отеле, где к нему в номер неожиданно входит Урара Касуга. Она оказывается его кузиной, которую Тома почти не помнит — они виделись лишь однажды. Урара, напротив, испытывает к нему тёплые чувства и предлагает Томе переехать жить к ней. Перед вступительными экзаменами Тома знакомится с Миэко Ёцубой — девушкой из благородной семьи, которая также пытается

После завершения борьбы с Ангелами организация Nerv сталкивается с противодействием со стороны группы Seele. Пилот Евангелиона Синдзи Икари находится в состоянии депрессии и нерешительности. Ему предстоит выбрать между принятием человеческого существования в его текущей форме и отказом от индивидуальности. Параллельно командующий Nerv Гэндо Икари готовится к запуску проекта совершенствования человечества. Для реализации своего замысла он использует Рей Аянами и сущность Лилит. События

События развиваются через несколько месяцев после окончания предыдущей OVA-серии. Главный герой Отару Мамия продолжает взаимодействовать с группой девушек-марионеток, которые обладают самосознанием. Антагонист Гельхардт фон Фауст возвращается и возобновляет эксперименты с технологией марионеток, выходящей за пределы допустимых норм. Девушки-марионетки оказываются перед выбором между привязанностью к Отару и запрограммированной преданностью Фаусту. Основной конфликт строится вокруг попыток

Юкино Миядзава поддерживает образ идеальной ученицы. Она обладает привлекательной внешностью, высоким интеллектом и демонстрирует готовность помогать окружающим. Для сохранения этой репутации она прикладывает значительные усилия, включая ночные занятия и интенсивные тренировки. В начальной и средней школе ей удавалось скрывать свою истинную мотивацию — стремление к похвале и восхищению. В старшей школе появляется Соитиро Арима, который также обладает выдающимися качествами и становится

Кадзуки Ёцуга регулярно наблюдает сражения роботов в своём городе и вынужден уворачиваться от взрывов. Он фиксирует эти события в личном блоге. Особенность ситуации заключается в том, что никто, кроме самого Кадзуки, не видит происходящего. Из-за этого одноклассники считают его чудаком и насмехаются над ним. Ситуация меняется, когда школьная красавица Мицуки Санада приглашает Кадзуки к себе домой. Она заявляет, что верит его рассказам и не считает его сумасшедшим. Мицуки знакомит его со своим