Группа персонажей, включая Уорнса, Райера и других членов экипажа "Гнезда наблюдателей", использует технологию пространственно-временного перемещения под названием "Проект Исход", чтобы покинуть Землю. Мисаки Курэха, присутствовавшая во время финальной битвы с противником, известным как "Гуль", не присоединяется к ним. В этот момент на её глазах Земля претерпевает трансформацию и оказывается изолированной временным барьером. Райер и остальные пытаются найти способ
Спустя два года после завершения войны между Земным Альянсом и Координаторами установилось временное равновесие. Это положение не устраивает обе стороны конфликта. Группа Координаторов решает возобновить боевые действия и направляет колонию Юниус 7 к Земле. Целью является уничтожение большей части населения планеты. Силы ZAFT успевают взорвать колонию, но её осколки падают на поверхность Земли и наносят значительные разрушения. В результате падения обломков война возобновляется с новой силой.
На планете Ла-Метал, находящейся в состоянии замерзания, королева приняла решение о замене тел жителей на механические аналоги. Это было сделано для обеспечения выживания населения в условиях гибели планеты. Однако процедура привела к утрате человеческого разума у всех, кто прошел механизацию. Королева Ла Андромеда Прометия II, ставшая бездушным роботом, решила распространить механизацию на все человечество. Ее дочери, Мэйтэл и Эмеральда, наблюдая за последствиями использования искусственных