Z/X: Код воссоединения

После завершения военного конфликта между людьми и зексами — существами из пяти параллельных миров — было установлено временное перемирие. Главная героиня, болезненная девочка по имени Адзуми Кагамихара, становится ключевой фигурой в поддержании хрупкого равновесия между мирами. Её партнёром выступает Ригель, зекс из Голубого Мира, отличающийся хладнокровием. Для подготовки к своей миссии Адзуми поступает в Академию Фудзимисаки — специализированное учебное заведение, где формируются пары из человека и зекса.

В академии Адзуми знакомится с другими девушками, которые также проходят обучение в паре с зексами. Учебный процесс включает интенсивные тренировки, направленные на развитие взаимодействия между людьми и существами из параллельных миров. От того, насколько успешно Адзуми и её одноклассницы освоят необходимые навыки, зависит дальнейшая судьба всех пяти миров. Однако остаётся неясным, удастся ли сохранить перемирие и предотвратить возобновление конфликта.