Югио! Тёмная сторона измерений

События разворачиваются через полгода после битвы с Фараоном. Юги Муто и его друзья учатся в третьем классе старшей школы и размышляют о своем будущем. Сэто Кайба продолжает попытки вернуть душу Фараона, для чего заново собирает «Головоломку тысячелетия». Его действиям препятствует загадочный человек по имени Аигами. Параллельно Кайба занимается разработкой новой системы виртуальных дуэлей, которая может изменить индустрию «Дуэльных монстров».

Сюжет строится вокруг противостояния Кайбы и Аигами, которое затрагивает как судьбу Фараона, так и будущее дуэльных технологий. Персонажи сталкиваются с препятствиями, связанными с поиском способов возвращения древней души. Развитие событий определяют технические инновации Кайбы и тайные мотивы его противника. Исход конфликта повлияет на дальнейшую судьбу всех участников.