Через сто лет после вторжения инопланетных сил на Землю выжившее человечество укрылось на подводных базах, называемых "Аквабазы". Для противодействия оккупантам формируется группа из пяти женщин, оснащенных кибернетическими имплантами, которые дают им особые способности. Эти бойцы проходят интенсивную подготовку для проведения партизанских операций против захватчиков. Команда получает обозначение "Ангелы Вуги" и становится основным инструментом сопротивления. Их миссии

После завершения борьбы с Ангелами организация Nerv сталкивается с противодействием со стороны группы Seele. Пилот Евангелиона Синдзи Икари находится в состоянии депрессии и нерешительности. Ему предстоит выбрать между принятием человеческого существования в его текущей форме и отказом от индивидуальности. Параллельно командующий Nerv Гэндо Икари готовится к запуску проекта совершенствования человечества. Для реализации своего замысла он использует Рей Аянами и сущность Лилит. События

К персонажу по имени Тенти приходит девушка Маюка, которая представляется его дочерью. Точное происхождение Маюки и цели её появления остаются неясными. Учёный Васю пытается выяснить обстоятельства этого события. Другие персонажи, проживающие вместе с Тенти, вынуждены адаптироваться к присутствию нового члена семьи. Позднее выясняется, что появление Маюки связано с действиями демона Юзухи. Существование Тенти оказывается под угрозой. Для защиты своей жизни Тенти вступает в противостояние с