Главный герой Такаси Нацумэ продолжает возвращать имена ёкаям, записанным в «Тетради дружбы», которую он унаследовал от своей бабушки Рэйко. Нянко-сэнсэй, также известный как Мадара, сопровождает Нацумэ в его делах, часто проявляя недовольство и употребляя сакэ. С течением времени количество знакомых духов, готовых помочь Нацумэ, увеличивается благодаря его предыдущим добрым поступкам. Это создаёт ситуацию, где Нацумэ оказывается между двумя мирами — людей и ёкаев. Перед Нацумэ встаёт вопрос о

События аниме разворачиваются после завершения историй, показанных в первом сезоне "Amagami SS". Главный герой, старшеклассник Дзюнъити Татибана, продолжает отношения с несколькими девушками из своей школы. Каждая сюжетная линия посвящена отдельной героине и показывает, как развиваются их отношения после признания в чувствах. Цукаса Аяцудзи, представительница класса, выдвигает свою кандидатуру на пост президента студенческого совета. Рихоко Сакураи вместе с Дзюнъити ведет кружок

26 лет назад в одном из третьих классов средней школы училась ученица по имени Мисаки. Она демонстрировала успехи в учебе и спорте, обладала привлекательной внешностью и пользовалась популярностью среди одноклассников. После её внезапной смерти одноклассники приняли решение до самого выпуска вести себя так, будто она всё ещё находится рядом с ними. Весной 1998 года юноша по имени Коити Сакакибара переводится в этот же класс. Он сразу замечает гнетущую атмосферу среди новых одноклассников.

Койоми Арараги недавно пережил нападение вампира и познакомился с несколькими девушками, которых преследуют сверхъестественные сущности. В одно утро он просыпается и обнаруживает, что его похитила и связала его собственная девушка Хитаги Сендзёгахара. Сестра Арараги, Карэн, столкнулась с Дэйсю Кайки — мошенником, который когда-то обманул семью Сендзёгахары. В результате Сендзёгахара заперла Арараги, чтобы защитить его от коварного Кайки. Однако, получив паническое сообщение от Карэн, Арараги