Деревня народа эмиси расположена в горной местности средневековой Японии. На поселение нападает гигантский вепрь Наго, превратившийся в демона из-за ненависти. Сын вождя Аситака убивает животное, чтобы спасти деревню, но получает ранение в руку. Вместе с раной на него переходит проклятие. Согласно традициям племени, Аситака должен отправиться в изгнание, чтобы найти способ исцелиться или погибнуть. Во время путешествия Аситака становится свидетелем конфликта между людьми Железного Города под

Сатоши и его друзья прибывают в город Ларусс. Там они знакомятся с мальчиком по имени Тоои Рондо. Четыре года назад Тоои пережил психологическую травму, связанную с покемонами, и теперь испытывает страх перед ними. В это время покемон Деоксис, полностью восстановившийся после предыдущего боя, начинает атаку на регион Хоэнн. Деоксис устанавливает вокруг города защитный барьер и похищает людей. В ответ на действия Деоксиса в дело вступает покемон Рейкваза. Этот покемон обитает в озоновом слое