События разворачиваются в далеком будущем, спустя несколько столетий после 20-го века. Применение ядерного и биологического оружия привело к масштабному загрязнению и разрушению экосистемы. Большая часть поверхности Земли превратилась в руины. Вымерло подавляющее большинство растений и животных. Мир приближается к шестому массовому вымиранию, названному "Большой шестеркой". Для сохранения исчезающих видов человечество построило города в небе. Туда были переселены оставшиеся растения и

Третьеклассница Химэно переезжает в большой особняк в провинции. Вскоре она узнает, что это дом ниндзя. Персонажи по имени Акамаки (красный), Аомаки (синий) и Кииромаки (желтый) принимают Химэно за принцессу. Они помогают девочке решать различные проблемы, используя свои уникальные способности. При объединении двух ниндзя возникают новые персонажи: Аомаки и Кииромаки образуют Мидоримаки (зеленый), Акамаки и Аомаки — Мурасакимаки (фиолетовый), а Акамаки и Кииромаки — Дайдаймаки (оранжевый).

Семнадцатилетняя Айко проживает в синтоистском святилище. В здании храма находится раздвижная дверь с незаконченной росписью. Айко планирует завершить эту работу в будущем, но текущие события не оставляют времени для этого замысла. Однажды на территории святилища появляется незнакомый молодой человек. Дед Айко, занимающий должность главного священника, предлагает гостю временное проживание в храме. Айко выражает несогласие с этим решением, однако впоследствии меняет свою позицию. По мере