Старшеклассник Тайдзю Оки приходит в себя после внезапного события, превратившего всех людей на Земле в каменные статуи. С момента катастрофы прошло несколько тысячелетий. Оки обнаруживает, что его друг Сэнку Исигами, увлечённый наукой, очнулся от каменного сна несколькими месяцами ранее. Сэнку уже успел адаптироваться к новым условиям и разработал план по восстановлению человеческой цивилизации с использованием научных знаний. Сэнку Исигами намерен возродить общество, применяя научные методы и

Сёко Коми, новая ученица старшей школы, сразу привлекает внимание одноклассников своей внешностью. Её высокий рост, стройная фигура и ухоженные волосы создают образ уверенной и популярной девушки. Однако Хитохито Тадано, сидящий за соседней партой, замечает, что Коми испытывает серьёзные трудности в общении с окружающими. Она не может поддерживать разговор, избегает зрительного контакта и часто остаётся в одиночестве. Тадано случайно узнаёт о её желании завести сто друзей и решает помочь.

Главный герой Сэнку Исигами обладает выдающимся интеллектом. Он просыпается через несколько тысяч лет после того, как все человечество мгновенно окаменело из-за неизвестного явления. Вокруг Сэнку находятся только окаменевшие останки, которые указывают на существовавшую ранее цивилизацию. Он решает восстановить прежний мир, используя научные знания. К Сэнку постепенно присоединяются другие люди, и вместе они формируют Научное королевство. За короткое время они проходят путь от каменного века до