Учебное заведение Death Weapon Meister Academy (Shibusen) возглавляет Шинигами, известный как Лорд Смерти. Академия готовит специальное оружие - Death Scythes, предназначенное для борьбы с различными угрозами. Эти оружия создаются из людей-гибридов, способных трансформировать свое тело в Demon Weapons. Для превращения в Death Scythe такому гибриду необходимо поглотить души 99 злых существ и одной ведьмы. Студент Soul Eater Evans, Demon Scythe, стремящийся стать Death Scythe, работает в паре со

Главный герой Цуёси Яно с детства часто получает травмы из-за своей неуклюжести. Он регулярно приходит в школу с новыми ссадинами и синяками, привыкнув к боли и виду собственного лица в бинтах. После перевода в новый класс он знакомится с Киёко Ёсидой — старостой класса, известной своей надёжностью и добротой. Ёсида проявляет интерес к Яно и старается узнать его получше. Благодаря её усилиям герой начинает вести ту школьную жизнь, о которой всегда мечтал — с общением и дружескими отношениями.