Мэдаку Куроками, ученицу первого класса старшей школы, избирают президентом школьного совета. На новой должности она учреждает ящик для отзывов и предложений, который ученики позже называют «Ящиком Мэдаки». Она предлагает учащимся опускать в ящик письма с любыми проблемами и обещает взяться за решение любого дела. Поскольку Мэдака выиграла выборы с 98% голосов, она оказалась единственным членом совета. Она просит помощи у своего друга детства Зэнкичи Хитоёши, который неохотно соглашается

События аниме разворачиваются после завершения историй, показанных в первом сезоне "Amagami SS". Главный герой, старшеклассник Дзюнъити Татибана, продолжает отношения с несколькими девушками из своей школы. Каждая сюжетная линия посвящена отдельной героине и показывает, как развиваются их отношения после признания в чувствах. Цукаса Аяцудзи, представительница класса, выдвигает свою кандидатуру на пост президента студенческого совета. Рихоко Сакураи вместе с Дзюнъити ведет кружок

Эба Юдзуки принимает решение перевестись в старшую школу, расположенную в сельской местности. Она вселяется в дом Кирисимы Харуты, несмотря на его возражения. Харута вынужден терпеть присутствие новой жилицы и одновременно скрывать этот факт от Кандзаки Нанами, к которой испытывает романтические чувства. Основной конфликт разворачивается вокруг попыток Харуты сохранить в тайне сожительство с Юдзуки. Его опасения связаны с возможной реакцией Нанами, которая может неправильно истолковать

26 лет назад в одном из третьих классов средней школы училась ученица по имени Мисаки. Она демонстрировала успехи в учебе и спорте, обладала привлекательной внешностью и пользовалась популярностью среди одноклассников. После её внезапной смерти одноклассники приняли решение до самого выпуска вести себя так, будто она всё ещё находится рядом с ними. Весной 1998 года юноша по имени Коити Сакакибара переводится в этот же класс. Он сразу замечает гнетущую атмосферу среди новых одноклассников.

В подземной арене высшее общество делало ставки на бои между существами, которых называли "игроками". Эти существа обладали только инстинктом убивать и не имели разума. В одну из ночей игроки вышли из-под контроля, начали убивать всех подряд. В результате происшествия пропало 13 игроков и 2 человека. Джин Канзаки способен трансформироваться в сверхчеловеческое существо ZET. Кога Амаги использует технологии корпорации Амаги, чтобы сражаться в роли Альфы. Эти двое вступают в

В 2112 году в Японии внедрена автоматизированная система управления обществом под названием «Сивилла». Эта система оценивает каждого гражданина на основе показателя «психопаспорт», который вычисляет индивидуальный коэффициент преступности — числовое значение вероятности совершения преступления. Если коэффициент превышает установленную норму, система определяет человека как потенциального преступника. Внедрение «Сивиллы» привело к снижению уровня преступности до минимума и созданию видимости