Спустя два года после завершения войны между Земным Альянсом и Координаторами установилось временное равновесие. Это положение не устраивает обе стороны конфликта. Группа Координаторов решает возобновить боевые действия и направляет колонию Юниус 7 к Земле. Целью является уничтожение большей части населения планеты. Силы ZAFT успевают взорвать колонию, но её осколки падают на поверхность Земли и наносят значительные разрушения. В результате падения обломков война возобновляется с новой силой.

Главный герой периодически видит необычные сны, в которых встречает странных людей и наблюдает необъяснимые явления. Он начинает самостоятельное расследование этих событий. В ходе поисков он знакомится с девушкой по имени Ая. Она также сталкивалась с подобными аномалиями. Ая помогает главному герою разобраться в происходящем. Вместе они выясняют, что окружающая их реальность может быть иллюзией. Многие знакомые персонажа, как выясняется, либо никогда не существовали, либо уже исчезли.

Хироюки Фудзита и Акари Камигиси учатся в двенадцатом классе. Они и их друзья постепенно взрослеют — как физически, так и умственно. Однако среди них отсутствует один из их лучших друзей — реалистичный андроид по имени Мульти. Неожиданно для всех Мульти вновь доставляют в кампус без предварительного уведомления. Однако возвращённый андроид отличается от прежней версии, которую они знали ранее. Это изменение становится ключевым фактором в дальнейшем развитии событий.

Главный герой Такуми Фудзивара присоединяется к Рёсукэ и Кэйсукэ Такахаси для создания "Проекта D". Участники ставят перед собой две цели. Рёсукэ намерен разработать свою "Теорию высокоскоростных уличных гонок". Кэйсукэ и Такуми стремятся улучшить навыки вождения, соревнуясь с сильными противниками на опасных дорогах. Суть проекта заключается в вызове уличных гоночных команд из других префектур для улучшения рекордов на подъёмах и спусках. Для привлечения внимания лучших