Аркадия моей юности: Бесконечный путь SSX

События разворачиваются после завершения фильма «Аркадия моей юности». Война с империей Иллюмидус, которая занимается порабощением и уничтожением обитаемых планет, закончилась поражением землян. Планета Земля полностью перешла под контроль инопланетных захватчиков. Капитан Харлок и его соратники были объявлены врагами человечества и изгнаны с Земли. Империя Иллюмидус не остановилась на этом — Харлок, Тотиро и Эмеральда получили кодовые номера и были объявлены в розыск. Теперь за ними охотятся не только силы империи, но и множество людей, желающих получить вознаграждение за головы разыскиваемых преступников.

Несмотря на предательство и враждебность со стороны бывших соотечественников, группа защитников Земли продолжает свой путь. Им приходится сражаться одновременно против армии Иллюмидус и против охотников за головами. Ситуация осложняется тем, что многие люди добровольно сотрудничают с захватчиками ради наживы. Харлок и его команда остаются единственной силой, способной противостоять империи, но их положение становится всё более опасным. Дальнейшее развитие событий зависит от того, смогут ли изгнанники найти союзников и ресурсы для продолжения борьбы.