Низкоквалифицированный ниндзя

После Второй мировой войны в Японии было создано агентство для борьбы с терроризмом и экстремизмом в Тихоокеанском регионе. Организация набирала в свои ряды профессиональных ниндзя. Изначально агентство работало только на территории Японии, но со временем его зона ответственности расширилась до международного уровня. Численность сотрудников достигла двадцати тысяч человек.

Куро Кумогакурэ, семнадцатилетний старшеклассник, становится одним из сотрудников агентства. Он работает на полставки, совмещая эту деятельность с учебой в школе. Куро сталкивается с необходимостью выполнять задания организации, одновременно решая повседневные проблемы, связанные с обучением и личной жизнью.