Индекс волшебства

События сериала происходят в Академия-Сити, городе с развитыми технологиями, расположенном к западу от Токио. В этом городе изучают людей с улучшенными способностями, называемых эсперами. Помимо научных достижений, в мире существует магия. Главный герой, Тома Камидзё, является учеником Академия-Сити. Он обладает правой рукой с особой способностью под названием «разрушитель воображения». Прикосновение этой руки рассеивает любую магию или способности эсперов, включая удачу самого Томы.

Однажды Тома находит на перилах своего балкона девушку в монашеской одежде. Она оказывается монахиней из Несессариуса, секретного магического отдела Церкви Англии. Девушку зовут Индекс, и в её память загружены 103000 книг, запрещённых церковью. Встреча с Индекс и необычная сила руки помещают Тому в центр конфликта, связанного с противостоянием магов и эсперов.