Некий научный Рейлган S

Микото Мисака и её друзья расследуют слухи, распространяющиеся по Академии. В ходе расследования Микото обнаруживает, что в городе проводятся жестокие эксперименты, связанные с убийством тысяч эсперов. Эти эсперы оказываются клонами самой Микото. Считая себя ответственной за их судьбу, она решает остановить эксперименты. Противники Микото оказываются сильнее, чем предполагалось, и ей приходится столкнуться с одними из самых могущественных эсперов.

Сюжет аниме "Toaru Kagaku no Railgun S" продолжает историю Рейлган, которая пытается прекратить бесчеловечные эксперименты, в которых, по её мнению, она виновата. По мере развития событий жизнь Микото погружается в отчаяние. В Академии постоянно происходят разные события, и не все из них оказываются приятными.