Аниматрица

Эпизод «Последний полёт "Осириса"» рассказывает о команде исследовательского корабля «Осирис», которая обнаруживает армию вторжения. Один из членов команды проникает в Матрицу, чтобы доставить предупреждение, в то время как остальные пытаются дать ему время, сражаясь с роботами-стражами. В эпизодах «Второе возрождение» показано, как люди создают идеальный искусственный интеллект, но разногласия между людьми и машинами приводят к войне. Люди применяют климатическое оружие, чтобы лишить роботов солнечной энергии, но те находят альтернативный источник питания — людей. В результате люди проигрывают войну и становятся «живыми батарейками» в Матрице. В «Детской истории» подросток после сверхреалистичного сна осознаёт, что живёт в симуляции. За ним начинают охотиться агенты в одинаковых костюмах, и он пытается сбежать при помощи Нео.

Эпизод «Программа» происходит в симуляции главной героини Сис, выполненной в средневековом японском стиле. В «Мировом рекорде» спортсмен во время забега перенапрягается, получает травму, но продолжает бежать, что угрожает его пробуждением в реальном мире. Агенты пытаются его догнать, но он просыпается в капсуле и видит робота-сборщика. Дэн пересекает финиш с невероятным результатом, но травма лишает его части двигательных функций, и агенты оставляют его в живых. Однако в инвалидной коляске он решает стать свободным и пытается встать на ноги. В «По ту сторону» девушка ищет пропавшую кошку и находит дом, где дети играют в условиях искажённой гравитации. Матрица замечает ошибку рендеринга в этой локации и отправляет отряд зачистки. В «Детективной истории» частный детектив Эш ищет хакера Тринити. Он попадает на поезд, где понимает, что слишком близко подошёл к тайнам Матрицы. Агенты пытаются захватить Тринити через него, но Эш решает, что она — его шанс понять происходящее. Тринити стреляет в него, считая, что он не справился, но Эш хочет пойти с ней. Тринити исчезает, выпрыгивая из поезда, а агенты врываются в вагон. В «Посвящённом» действие происходит в будущем во время войны между людьми и машинами. Главный персонаж — робот модели «Раннер», один из первых машин, подключённых к Матрице.