Евангелион нового поколения: Конец Евангелиона

После завершения борьбы с Ангелами организация Nerv сталкивается с противодействием со стороны группы Seele. Пилот Евангелиона Синдзи Икари находится в состоянии депрессии и нерешительности. Ему предстоит выбрать между принятием человеческого существования в его текущей форме и отказом от индивидуальности. Параллельно командующий Nerv Гэндо Икари готовится к запуску проекта совершенствования человечества. Для реализации своего замысла он использует Рей Аянами и сущность Лилит.

События развиваются вокруг подготовки к финальной конфронтации. Seele стремится взять под контроль ситуацию и реализовать собственный сценарий исхода. Гэндо Икари преследует личные цели, связанные с проектом совершенствования. Синдзи Икари оказывается в центре противостояния различных сил. Фильм «Евангелион нового поколения: Конец Евангелиона» представляет альтернативное завершение сюжета по отношению к последним эпизодам оригинального сериала.