Исчезновение Юки Нагато

В параллельной вселенной Юки Нагато, застенчивая любительница книг и видеоигр, занимает пост президента литературного клуба старшей школы Кита. Единственными участниками клуба являются её подруга Риоко Асакура, отличающаяся излишней осторожностью, и обычный ученик Кён. Юки ценит спокойную атмосферу, которую они разделяют, особенно в моменты, проведённые с Кёном, к которому она испытывает симпатию. В клуб также часто заглядывают Цуруя и Микуру Асахина — две подруги с противоположными характерами.

В холодный декабрьский день по пути домой Юки встречает девочку, которая просит её нарисовать странные символы на земле, якобы для поимки Санта-Клауса. Девочка представляется Харухи Судзумией — эксцентричной ученицей престижной академии Коёэн, которая ищет пришельцев, путешественников во времени и экстрасенсов. Вскоре Харухи вместе со своим другом Ицуки Коидзуми появляется в клубной комнате и объявляет себя официальным членом литературного клуба, а затем занимает пост его исполнительного президента. Спокойные дни клуба заканчиваются: под руководством Харухи Юки и её друзья оказываются втянутыми в череду происшествий, каждое из которых сближает Юки и Кёна.