В январе 2118 года главный инспектор Бюро общественной безопасности Аканэ Цунэмори получает информацию об инциденте на иностранном судне. Вместе с руководителем отдела статистики Министерства здравоохранения и социального обеспечения Ацуси Синдо она направляется на место происшествия. Однако по неизвестным причинам расследование передаётся Исполнительному отделу бюро по координации действий за рубежом Министерства иностранных дел. На корабле обнаруживают тело доктора Милиции Стронской, которую
Действие разворачивается в море у острова Хатидзёдзима, Токио. Инженеры со всего мира собрались для ввода в эксплуатацию «Тихоокеанского буя» — морского объекта, предназначенного для подключения камер наблюдения полицейских сил разных стран. На объекте проводится тестирование новой технологии на основе системы распознавания лиц. Конан и Детективный клуб посещают Хатидзёдзиму по приглашению Соноко. Они получают звонок от Субаря Окии, который сообщает об убийстве сотрудника Европола в Германии
Четвёртый сезон аниме рассказывает о формировании «Вооружённого детективного агентства». Сюжет переносит зрителя в прошлое, где показана встреча первых двух членов организации. Юкити Фукудзава на тот момент работал телохранителем и частным детективом. Рампо Эдогава был одиноким юношей, который не знал о своей способности к «супердедукции». Персонажи знакомятся во время расследования загадочного убийства. Рампо быстро определяет настоящего преступника, что производит впечатление на Фукудзаву.