Детектив Конан: На перекрёстках древней столицы

Маскированный самурай совершает убийства пяти человек в разных городах Японии: троих в Токио, одного в Осаке и одного в Киото. Полиция выясняет, что все жертвы были членами банды Гэндзиботару, специализировавшейся на краже буддийских статуй и артефактов. Члены этой группы использовали псевдонимы, основанные на именах слуг Минамото-но Ёсицунэ. Расследование заходит в тупик из-за отсутствия мотивов и улик для установления личностей других участников банды.

В храме Киото получают анонимное письмо с загадочной головоломкой. Монахи обращаются за помощью к Когоро Мори, чтобы расшифровать послание и найти давно утерянную статую. Детективы Конан Эдогава и Хэйдзи Хаттори объединяются для решения головоломки и поиска убийцы. Хаттори также ищет свою возлюбленную из детства. Используя знание Хаттори Киото, они исследуют город и постепенно раскрывают правду. Убийца совершает новое нападение на члена банды, затем пытается убить Хаттори и похищает его возлюбленную. Конан и Хаттори должны объединить усилия, чтобы найти скрытые улики, остановить самурая и спасти девушку.