Кобаяси настолько милые, что аж больно!

Близнецы Мэгуму и Мицуру Кобаяси, будучи разнояйцевыми, практикуют обмен местами для посещения учебных заведений друг друга. В результате этой стратегии Мэгуму оказывается зачислен в школу для мальчиков, где обучаются подростки с проблемным поведением. Его сестра Мицуру, напротив, переводится в учреждение с совместным обучением, что предоставляет ей иной социальный опыт.

Сюжет строится вокруг последствий этой подмены. Мэгуму приходится адаптироваться к агрессивной среде мужской школы, где конфликты и нарушения дисциплины являются нормой. Мицуру, в свою очередь, сталкивается с типичными для смешанных классов ситуациями. Развитие событий определяется тем, насколько успешно каждый из близнецов сможет сохранить тайну и справиться с вызовами, характерными для их нового окружения.