Сержант Кэроро: Кэроро против Тёмного Кэроро — Великая битва за небо!

Фуюки Хината и взвод Кэроро исследуют заброшенный храм в городе Мачу-Пикчу в Перу. Во время осмотра Кэроро случайно активирует ловушку, что приводит группу к потайной комнате. В центре комнаты находится большой синий кристалл на подставке с ключом. Кэроро нажимает на клавишу, запуская таинственную машину, от чего храм начинает дрожать. Группа покидает комнату. При бегстве Кэроро теряет мяч Керо, а Фуюки замечает сияющую молодую женщину. Он сообщает Кэроро о девушке, но вынужден покинуть помещение. Группе удается выбраться из храма.

Девушка, у которой отрастают светящиеся крылья, наблюдает за уходом группы. В это же время внутри кристалла в комнате начинается рост чего-то неизвестного. События закладывают основу для дальнейшего развития сюжета, где появление таинственной девушки и процессы внутри кристалла становятся ключевыми элементами повествования.