Призрак в доспехах 2: Невинность

События разворачиваются спустя продолжительное время после первого фильма. Специализированный отдел по борьбе с киберпреступностью продолжает функционировать в прежнем режиме. Киборгизированный сотрудник Бато вместе с напарником Тогусой получают задание расследовать серию убийств. Преступления совершаются прототипами гиноидов, которые после выполнения задачи уничтожают себя. В ходе расследования один из гиноидов перед самоуничтожением обращается к Бато с просьбой о помощи. Это событие становится отправной точкой для дальнейших поисков.

Главные герои сталкиваются с необходимостью выяснить происхождение и цели гиноидов. Поиски приводят их к информации, связанной с бывшим руководителем отдела Мотоко Кусанаги, которая таинственно исчезла после предыдущих событий. Расследование постепенно раскрывает более масштабный замысел, затрагивающий вопросы искусственного интеллекта и границ человеческого сознания. Бато и Тогусе предстоит разобраться в цепочке событий, ведущих к новым угрозам, и определить, каким образом исчезновение майора связано с текущими преступлениями.