.хак//Корни

После завершения работы популярной MMORPG "The World" в виртуальной реальности была выпущена её новая версия под названием The World R:2. В первый день игры новичок Хасэо знакомится с несколькими персонажами, которые, как он полагает, становятся его друзьями. Однако эти игроки убивают его персонажа без видимой причины. Хасэо спасает таинственный однорукий игрок по имени Ован, который предлагает показать ему возможности игрового мира.

В течение первого года игры Хасэо проводит время вместе с Ованом и его другом-священнослужителем Сино. Ситуация меняется, когда персонаж Сино погибает от рук игрока, известного как Tri-Edge. Все жертвы этого игрока впадают в кому в реальном мире. Хасэо решает найти Tri-Edge. Сюжет .hack//Roots разворачивается в первый год пребывания Хасэо в игре и показывает его взаимоотношения с другими игроками до того, как появление Tri-Edge нарушает их привычный порядок.