Последняя фантазия: Легенда кристаллов

События разворачиваются спустя 200 лет после того, как группа героев предотвратила уничтожение двух миров. Основная угроза исходит от неизвестной силы, стремящейся завладеть кристаллами - ключевыми элементами поддержания равновесия в мире. Главная героиня Линали Клаузер является потомком Бартца, одного из участников событий прошлого. Вместе со своим спутником и защитником Приццем она отправляется в Храм Ветра, чтобы выяснить природу новой опасности.

Сюжетная линия строится вокруг поисков источника угрозы и попыток предотвратить захват кристаллов. Линали и Прицц сталкиваются с препятствиями и противниками, которые стремятся помешать их миссии. Успех их путешествия зависит от способности раскрыть тайны древнего храма и понять мотивы тех, кто стоит за попытками нарушить баланс между мирами. Действие развивается в рамках продолжения истории, начатой в оригинальной игре Final Fantasy V.