Атри: Мои дорогие моменты

Основное действие происходит в недалеком будущем, когда значительная часть суши оказалась под водой из-за повышения уровня мирового океана. Главный герой, Нацуки Икаруга, потерял мать и одну ногу в результате трагического инцидента несколько лет назад. В его распоряжении остались старый корабль и батискаф, а также долги, перешедшие от бабушки, профессора морской геологии Нонко Ятигусы. Чтобы погасить задолженность, Нацуки решает отправиться на поиски затонувшего здания, где работала его бабушка. По слухам, она хранила там драгоценности.

Вместо драгоценностей Нацуки обнаруживает капсулу с находящимся внутри роботом-гуманоидом по имени Атри. После пробуждения Атри заявляет, что будет помогать Нацуки, по крайней мере до тех пор, пока не вспомнит последнее поручение, данное ей предыдущей хозяйкой. Взаимодействие главного героя и робота становится основой для дальнейшего развития событий, в ходе которого раскрываются обстоятельства прошлого и цели, связанные с поисками.